Nous sommes fiers d’avoir à la basilique un des premiers et surtout le plus grand des orgues Xavier Silbermann, 2955 tuyaux, 43 jeux sur trois claviers et pédalier avec une traction entièrement mécanique. Il fut inauguré le 7 mai 1967 par Pierre Cochereau. Quelques jeux de bonne facture proviennent de l’ancien orgue Tschanum dont on peut encore admirer le buffet en tribune.
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L’orgue de l’église St Hippolyte a quant à lui été construit en 1971 pour la famille Gaulis. Il a été racheté en l’an 2000 par la ville de Thonon pour être installé dans le buffet du XVIIème siècle. L’instrument possède 658 tuyaux, soit 12 jeux répartis sur deux claviers et pédalier. Le jeu de montre est ancien lui aussi.
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